Los ging alles am 1. Oktober des Jahres 1857. An diesem Tag wurde in Landshut der "Verein zur Hebung der Pferdezucht in Niederbayern" gegründet. Einer der Hauptinitiatoren war der damalige Kämmerer und Pfarrer von Altheim, Jakob Burger. Er übernahm dann auch für 15 Jahre das Amt des Vereinssekretärs. Ein Jahr nach der Gründung, 1873, erhielt man den Status eines "anerkannten Vereins". Vereinsziel war zunächst die "Förderung der Rottaler Warmblutzucht". Deshalb gab es alljährlich Stutenverlosungen, außerdem schon eine einfachere Form des "Stutbuches". In den ersten neun Jahren seines Bestehen stieg die Mitgliederzahl des "Vereins zur Hebung der Pferdezucht" von anfangs 255 auf 1.539 Mitglieder bis zum Jahr 1866.

Mit der Gründung eines Zweigvereins im Jahr 1898 in Vilsbiburg, begann dann auch die Zucht von Kaltblutpferden in Niederbayern. Denn Ziel dieses Vereins war die Züchtung eines schweren Arbeitspferdes. Kurze Zeit später kaufte man den Fohlenhof Gaishausen, außerdem wurde für das Rottaler Kutschpferd im Jahr 1906 eine regelrechte Stutbuchführung eingerichtet.

1857 - 1882 Reichsrat Julius von Niethammer auf Mengkofen

1882 - 1886 Oberst Freiherr von Podewils, Landshut

1887 - 1897 Kaspar Graf von Preysing auf Kronwinkl

1898 - 1901 Landstallmeister Adam, Landhut

Unter dem Vorsitzenden ab 1920, dem Landstallmeister Wucherer, schlossen sich im Jahr 1922 die bestehenden niederbayerischen Pferdezuchtvereine zu einem Kreisverband zusammen, mit Sitz in der Hauptstadt Landshut. Etwa zur gleichen Zeit gründete sich in der Oberpfalz ein "Kreisverband oberpfälzischer Pferdezuchtvereine", mit Sitz in der Hauptstadt Regensburg. Eine enge Verbindung beider Verbände ergab sich nach dem Ersten Weltkrieg. Dr. Georg Dürschinger, der damalige Pferdezuchtinspektor der Staatsregierung wurde damals von der Oberpfalz ins niederbayerische Landshut versetzt. Somit erstreckte sich sein Dienstbereich auf die beide Regierungsbezirke und beide Zuchtverbände bekamen eine enge Verbindung.

1902 - 1908 Königlicher Kreistierarzt Wimmer, Landshut
1909 - 1920 Landstallmeister Bechthold, Landshut
1920 - 1933 Landstallmeister Wucherer, Landshut
1934 - 1945 Kastulus Leipfinger, Vatersdorf

Gegen Ende der 20er Jahre führte man ein eigenes Stutbuch für das norische Pferd ein (Süddeutsches Kaltblut), erst 1954 ein Stutbuch für die Abteilung Haflinger.

In den 30er Jahren wurden die beiden Verbände Niederbayern und Oberpfalz zu einem Verband zusammengeschlossen, dem heutigen "Pferdezuchtverband Niederbayern-Oberpfalz".

Auch heute ist er wieder in Landshut beheimatet. Vor allem seit der Nachkriegsära konnte der Verband die bayerische Pferdezucht weit über die Grenzen des Freistaates bekannt machen.

Nach dem 2. Weltkrieg leitete Franz Gerauer den Verband zunächst kommissarisch und blieb 1. Vorsitzender nach der Neugründung im Jahr 1948. Sein Nachfolger im Amt, Josef Kreilinger, trug den hervorragenden Ruf der bayerischen Pferdzucht weit über die Grenzen des Freistaates hinaus. Für seine Leistungen erhielt er das Bundesverdienstkreuz Erster Klasse sowie den Bayerischen Löwen. Auch Michael Osterholzer, der den Vorsitz des Pferdezuchtverbandes in den 90er Jahren übernommen hatte, wurde mit dem Bayerischen Löwen geehrt. Ab 1999 versuchte der Vorsitzende, Herbert Weigl, den Verband in Tradition und Moderne im neuen Jahrtausend zu verbinden. 2006 wurde Hubert Berger zum neuen Vorsitzenden des Pferdezuchtverbandes Niederbayern/Oberpfalz gewählt und möchte die Züchter auch weiterhin intensiv an den Verband binden.

1945 - 1965 Landesökonomierat Franz Gerauer

1965 - 1990 Josef Kreilinger, Fürstenzell (heutiger Ehrenvorsitzende)

1990 - 1999 Michael Osterholzer, Massing (heutiger Ehrenvorsitzender)

1999 - 2006 Herbert Weigl, Altenstadt (heutiger Ehrenvorsitzender)

seit 2006 Hubert Berger, Reisbach